Институт является научно-исследовательским комплексом, входит в состав
Отделения общей биологии НАН Украины и является базовой организацией
Океанологического центра НАН Украины. В структуру Института входят:
Одесский филиал, Опытное производство ИнБЮМ, аквариум-музей,
лаборатории, научно-вспомогательные подразделения, а также 13
научно-исследовательских отделов.