Основные направления научных исследований ИБМ:

• изучение фауны и флоры, экологии и продуктивности биоты дальневосточных морей и прилежащих акваторий Тихого океана;
• разработка научных основ охраны, воспроизводства и рационального использования биологических ресурсов шельфа;
• исследование адаптации, онтогенеза и эволюции морских организмов, медико-биологические исследования.